科研训练是生物医学工程专业培养过程中极其重要的实践教学环节。针对生物医学工程专业本科生科研训练课程设置中存在的问题,通过梳理并重构课程体系、优化教学内容和考核方式、促进专业骨干教师深度参与、指导管理全过程定制化,并充分与大创项目、竞赛项目等具体实施结合,从多个方面推进该课程的改革与实践。这些探索与实践在培养学生创新思维和提高学生综合运用所学知识分析和解决问题能力等方面发挥出积极作用,取得显著成效,为新工科背景下高等教育对生物医学工程专业科研训练培养趟出一条新路子。